無土栽培基質長時間使用后會聚積病菌和蟲卵，尤其在連作條件下，更容易發生病蟲害。因此，每茬作物收獲以后，下一次使用之前一定要對基質進行消毒處理。
　　基質消毒最常用的方法有蒸汽消毒和化學藥品消毒。
　　一、蒸汽消毒。此法簡便易行，經濟實惠，安全可靠。凡在溫室栽培條件下以蒸汽進行加熱的，均可進行蒸汽消毒。方法是將基質裝入柜內或箱內（體積1立方米～2立方米），用通氣管通入蒸汽進行密閉消毒。一般在70℃～90℃條件下持續15分鐘～30分鐘即可。
　　二、化學藥品消毒。所用的化學藥品有甲醛、甲基溴（溴甲烷）、威百畝、漂白劑等。
　　1、40％甲醛又稱福爾馬林，是一種良好的殺菌劑，但對害蟲效果較差。使用時一般用水稀釋40倍～50倍液，然后用噴壺每平方米20升～40升水量噴灑基質，將基質均勻噴濕，噴灑完畢后用塑料薄膜覆蓋24小時以上。使作前揭去薄膜讓基質風干兩周左右，以消除殘留藥物危害。
　　2、氯化苦該藥劑為液體，能有效地防治線蟲、昆蟲、一些雜草種子和具有抗性的真菌等。一般先將基質整齊堆放30厘米厚度，然后每隔20厘米～30厘米向基質內15厘米深度處注入氯化苦藥液3毫升～5毫升，并立即將注射孔堵塞。一層基質放完藥后，再在其上鋪同樣厚度的一層基質打孔放藥，如此反復，共鋪2～3層，最后覆蓋塑料薄膜，使基質在15℃～20℃條件下熏蒸7天～10天。基質使用前要有7天～8天的風干時間，以防止直接使用時危害作物。氯化苦對活的植物組織和人體有毒害作用，使用時務必注意安全。 中國苗木網,www.cqhuayin.com
　　3、溴甲烷該藥劑能有效地殺死大多數線蟲、昆蟲、雜草種子和一些真菌。使用時將基質堆起，然后用塑料管將藥液噴注到基質上并混勻，用量一般為每立方米基質100克～200克。混勻后用薄膜覆蓋密封2～5天，使用前要晾曬2天～3天。溴甲烷有毒害作用，使用時要注意安全。
　　4、威百畝威百畝是一種水溶性熏蒸劑，對線蟲、雜草和某些真菌有殺傷作用。使用時1升威百畝加入10升～15升水稀釋，然后噴灑在10平方米基質表面，施藥且將基質密封，半月后可以使用。
　　5、漂白劑（次氯酸鈉或次氯酸鈣）該消毒劑尤其適于礫石、砂子消毒。一般在水池中配制0．3％～1％的藥液（有效氯含量），浸泡基質半小時以上，最后用清水沖洗，消除殘留氯。此法簡便迅速，短時間就能完成。次氯酸也可代替漂白劑用于基質消毒。