酵素菌技術應用于種植業，主要是制成各種酵素菌肥料。按其用途可以分為：酵素菌堆肥和作物重茬專用肥（土曲子)；酵素菌粒狀肥和液體肥；酵素菌葉面噴肥三大類。
　　酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能夠控制土壤的各種病害傳播，克服作物的重茬病害，并能產生大量的腐殖質，改善土壤的理化性狀；能夠增強土壤的保水保肥能力，提高地溫3—5℃，對各種保護地栽培的作物十分有利。
　　作物重茬粒狀肥（土曲子)是一種土壤活化劑和殺菌劑，不但能培肥地力，還能產生大量抗菌素，起到殺菌滅蟲作用，能解決作物的重茬（爛根)問題。果園和蔬菜地使用一般用作基肥。酵素菌粒狀肥包括高級粒狀肥、磷酸粒狀肥和雞糞粒狀肥。高級粒狀肥可取代化肥促進作物生長，改善品質，適宜于以生食為主的蔬菜和水果，它既能作基肥，又能作追肥。磷酸粒狀肥能有效地提高磷肥利用率，適宜于以果實和根莖為主的作物，利用該肥培育的幼苗，根系發達、抗逆性強，定植后緩苗快。雞糞粒狀肥能為作物提供豐富的氮源，大大減少病蟲害，有利于作物生長。
　　酵素菌液體肥施入土壤后，能促進作物根系生長，增強根的活力，特別是重茬地或者是土壤板結、病蟲害嚴重的地塊，施用后效果尤為顯著。