無土栽培基質長時間使用會聚積病菌和蟲卵，尤其連作條件下，因為長期種植一種植物，更容易發生病蟲害。因此，每茬作物收獲以后，下一次使用之前，對基質進行消毒是很有必要的。 
        常見基質消毒方法有以下幾種： 
        （1）蒸汽消毒凡是有條件的地方，可將要消毒的基質裝入柜或箱中。生產面積較大時，基質可以堆成20厘米高，長寬根據地形而定，全部用防水防高溫布蓋上，通人蒸汽后，在70～90℃條件下，消毒1小時即可，效果較好，且比較安全。 
        （2）化學藥劑消毒常用的藥劑有以下幾種： 
        1.40％甲醛又稱福爾馬林，是一種良好的殺菌劑，但對害蟲效果較差。一般將40％的原液稀釋50倍，用噴壺將基質均勻噴濕，覆蓋塑料薄膜，經24～26小時后揭膜，風干2周后使用。 
        2.氯化苦氯化苦為液體，能有效地殺死線蟲、昆蟲、一些雜草種子和病原真菌。先將基質整齊堆放30厘米厚，長寬根據具體情況而定。在基質上每隔30厘米打一深為10～15厘米的孔，每孔內用注射器注入5毫升氯化苦，隨即將孔堵住，再在其上鋪30厘米厚的基質，用同樣的方法打孔注射氯化苦，共鋪2－3層基質，然后蓋上塑料薄膜，熏蒸7～lO天后，揭開塑料薄膜，風干7～8天后即可使用。