水培擺脫了土壤病蟲害的侵染，可它不是生長在經嚴格消毒后的真空環境，仍然會受到擺設環境病蟲害的侵害。空氣中的真菌、細菌、病毒仍可侵染水培花卉的莖葉，使其受到不同程度的病變。蚜蟲、介殼蟲可隨風飄至室內，降落到水培花卉上刺吸汁液。飛蛾在花卉上產卵，孵化成幼蟲，也會咀食花卉的嫩葉、莖尖。脫盆洗根改為靜止水培的花卉，同樣會帶有真菌、細菌、病毒、蟲卵、幼蟲等，若不仔細檢查清除，會留下隱患。
　　靜止水培花卉因其擺設環境的特殊性，一旦發生病蟲害，不宜使用化學農藥殺蟲，也不能用大劑量的殺菌劑滅菌。這對水培花卉可能發生的病蟲害應以預防為主。在選擇花卉水培時，盡可能挑選植株健壯、生長茂盛、無病蟲害的花卉。在蒔養過程中發現蟲害，可采用人工捕捉，或用自來水沖洗清除。水培花卉發生侵染性病害是不多的，只有在少數葉片上有褐色病變，干癟壞死，或者有不規則圓形濕漬狀病變，是由真菌或細菌侵染形成，發現后應將整片病葉摘除燒毀，勿使其蔓延。非侵染性病害的預防。非侵染性病害不是由病原物浸染引起的，它是由不適宜環境引起的。夏季悶熱的高溫天氣，寒冷的冬天，干燥的氣候，烈日灼傷，空氣不通暢的環境，過度的蔭蔽，營養液濃度過高，或不能均衡吸收，都可能造成靜止水培花卉葉尖焦枯，下部葉片發黃脫落。炎夏溫度過高，因液中溶解氧急劇下降，而易發根腐病，這更是靜止水培的常見癥狀。針對以上不同癥狀找出相應產生的原因，加以糾正，改善蒔養環境，避免非侵染性病害的發生。

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