一些樹木和花卉扦插生根比較困難，甚至插穗的愈傷組織已形成疙瘩，還是生不出根來。根據插穗的具體情況，分別采取以下相應方法，可收到比較好的效果：
　　一、清水處理　清水處理的目的是減少或消除插穗體內阻礙生根的物質。將插穗綁成小捆，下端浸在水中，每日換水一次，在遮陰保濕條件下培養7至10天，再經過生根素處理后扦插。
　　二、扦插時期　樹種或品種的遺傳性有區別，其體內的營養物質、生根誘導物質和阻礙生根物質的多少，直接影響插穗生根的難易和快慢。不同季節，插穗體內各種物質的含量和相互作用同樣影響插穗的生根質量。因此，扦插時要認真了解插穗品種的生根習性，準確把握不同樹種或品種扦插適宜時期，如白花木槿、丁香、松柏、杉木等主要在春季扦插；山茶、桂花、黃楊、葉子花、櫻花等夏季扦插成活率高；優良品種月季、梅花、木芙蓉、桉樹、油橄欖等秋季扦插效果好；北方地區在溫室或大棚內冬季扦插，以苗繁苗很容易生根。
　　三、消毒滅菌　嫩枝扦插育苗是依靠葉的光合作用，將空氣中的二氧化碳轉化成碳水化合物，并合成天然的生根激素等有利于生根的物質，這是插穗生根的關鍵因素。只要保證插穗不腐爛變質，使插穗保持正常的生理活動和發揮自身的生理作用，就一定會生根成活，形成新的個體。同時，凡是生根困難的樹種和花卉生根時間很長，一般都在20天之后才產生不定根，有的品種需要40天或更長的時間。在漫長的高濕環境下很容易發生腐爛病，所以必須高度重視，在扦插前后對插穗和周圍環境進行嚴格滅菌處理，并在生根過程中每周定時噴藥。常用的殺菌劑有百菌清、多菌靈或退菌特等。

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